Dilahirkan di Kuala Lumpur, Sheikh Muszaphar yang merupakan anak ketiga daripada lima beradik yang kesemuanya lelaki, berjaya menamatkan pendidikan sekolah tinggi di Maktab Rendah Sains MARA di Muar, Johor. Beliau kemudian melanjutkan pelajarannya melalui ijazah perubatan MBBS di Kolej Perubatan Kasturba, Manipal, India.[6]

Beliau menjadi doktor ortopedik[7] dan menjadi pensyarah perubatan pelatih di Pusat Perubatan Universiti Kebangsaan Malaysia (PPUKM). Sebelum itu, beliau berkhidmat di Hospital Seremban (1998), Hospital Besar Kuala Lumpur (1999) dan Hospital Selayang (2000-2001).

Beliau juga merupakan model di kebanyakan iklan komersial.[8][9][10]